1997年6月29日，钦州边检站正式挂牌建立，从属广西边防总队，归于正团级建制单位，下设司令部、政治处、后勤处及果子山分站、业务科、中队等单位，是国家布置在钦州口岸的一支装备法律力气。
建站以来，全站官兵一直紧记主旨、牺牲任务，严厉执行公安部、公安部边防局和广西边防总队作业布置，紧紧围绕服务钦州经济社会继续健康发展和保护口岸安靖这一主业，活跃施行爱民固边战略，逐渐的进步边检服务水平，不断推广服务行动，拓宽服务范畴，供给了安全、高效、文明的“大通关”环境，为进步钦州口岸竞争力作出了活跃奉献，得到了当地党委政府和广阔服务目标的充分肯定。先后屡次被公安部边防管理局、广西边防总队评为“基层建造标兵单位”、进步边检服务水平作业先进单位、安全作业先进单位、“园林式警营”；被自治区评为“卫生先进单位”、“军（警）民共建先进单位”、“精神明建造先进单位”、“全区公安女性先进集体”；被钦州市评为“军警民共建先进单位”、“拥政爱民先进单位”、“园林式单位”；接连4年荣获钦州市“口岸特别奉献奖”；2013年8月，被钦州市市委、市政府联合颁发“榜样边防检查站”荣誉称号，并发文召唤全市各级向钦州边检站学习。此外，先后涌现出公安部边防管理局“边检服务成绩突出个人”、“优异党务作业者”、“法律先进个人”、“群众作业先进个人”，广西区党委、区政府、广西军区联名颁发的“拥政爱民榜样”、“广西北部湾经济区优异建造者”、“全区优异人民警察”等一大批先进典型；共有72人次荣获三等功以上奖赏。